Stormbreaker comienza con un chico de 14 años aparentemente normal llamado Alex Rider, que vive en un tranquilo suburbio de Londres. Su vida da un giro dramático cuando su tío, Ian Rider, quien lo había estado criando después de la muerte de sus padres, muere en un accidente automovilístico. A Alex le dicen que Ian murió en un accidente mientras conducía, pero rápidamente descubre algo mucho más siniestro: su tío en realidad fue asesinado y su muerte fue montada para que pareciera un accidente.
Pronto, Alex descubre que Ian Rider no era sólo un banquero común y corriente, como Alex siempre había creído, sino un agente secreto altamente entrenado que trabajaba para el MI6, la agencia de inteligencia británica. En su búsqueda de respuestas, Alex encuentra un mensaje oculto en las pertenencias de Ian, que lo lleva al MI6. La agencia, sabiendo que Alex es la única persona que podría investigar la muerte de su tío, lo recluta como agente secreto, a pesar de su corta edad.
La primera misión de Alex es investigar las misteriosas computadoras Stormbreaker, que están siendo donadas a todas las escuelas del Reino Unido. Las computadoras fueron desarrolladas por un multimillonario solitario llamado Herod Sayle, quien tiene una extraña obsesión con el proyecto y una conexión personal con el gobierno. La personalidad pública de Sayle es la de un filántropo que quiere revolucionar el sistema educativo regalando estas computadoras de alta tecnología. Sin embargo, el MI6 cree que hay más en la historia.
Alex es enviado de encubierto a la lujosa mansión de Sayle para descubrir la verdad. Disfrazado de estudiante, Alex conoce al excéntrico Sayle, que parece acogedor pero tiene un aire siniestro. A través de una serie de encuentros tensos y peligrosos, Alex comienza a reconstruir la verdad. Descubre que el «regalo» de Sayle, las computadoras Stormbreaker, es una tapadera para un complot mortal. Las computadoras son en realidad parte de un plan para fabricar armas biológicas. Sayle, que una vez fue un huérfano pobre, busca vengarse del gobierno británico por traicionarlo a él y a su familia. Su plan implica utilizar las computadoras Stormbreaker, que han sido equipadas con un virus que desencadenará un ataque biológico mortal.
A lo largo de la historia, Alex enfrenta numerosos desafíos que amenazan su vida. Desde escapar por poco de un intento de asesinato por parte de los asesinos a sueldo de Sayle hasta involucrarse en enfrentamientos de alto riesgo, Alex debe confiar en su rapidez de pensamiento, sus habilidades físicas y sus recién adquiridas habilidades de espionaje. Se encuentra en situaciones cada vez más peligrosas, desde persecuciones a alta velocidad hasta la infiltración en una mansión fuertemente custodiada. En el camino, Alex descubre verdades impactantes sobre la participación de su tío en la misión y el papel que desempeñó al descubrir las actividades criminales de Sayle.
En el enfrentamiento final, Alex es capaz de sabotear los planes de Sayle. Utilizando su ingenio y determinación, Alex obtiene acceso a la computadora Stormbreaker y evita el ataque biológico, salvando innumerables vidas. En el proceso, Alex aprende más sobre el oscuro y peligroso mundo del espionaje y sobre la vida de su tío como agente.
Sin embargo, incluso después de completar la misión, Alex queda con muchas preguntas sin respuesta sobre el pasado de su tío, así como sobre el mundo del MI6. El libro concluye con Alex dándose cuenta de que su vida nunca volverá a ser la misma. Aunque es apenas un adolescente, Alex se ha convertido en un agente secreto de pleno derecho y ahora es plenamente consciente del peligroso y complejo mundo del espionaje internacional.
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Stormbreaker es una novela llena de acción y suspenso que presenta a los lectores el viaje de Alex Rider desde un adolescente común a un espía reacio. Con temas de traición, justicia y coraje, el libro prepara el escenario para toda la serie, donde Alex enfrenta misiones cada vez más complejas y peligrosas. La novela no sólo trata de aventuras emocionantes, sino que también explora cuestiones más profundas sobre la lealtad, la familia y el coste de convertirse en espía.